粪便无害化处理就是利用物理、化学或生物方法，消减、去除或杀灭粪便内的致病菌、病毒和寄生虫卵等病原体，能控制蚊蝇滋生，防止恶臭扩散并使其处理产物能直接资源化利用。

粪便经无害化处理后可以作为肥料，但因含有丰富的氮、磷等营养元素，不可排入水体，否则会造成水体富营养化。