(1)新鲜粪便由进粪口进入第一池，与池内粪尿水混合后开始崩解并进行厌氧发酵作用，经过20天以上的液化、分层、虫卵沉降，因密度不同粪液可自然分为三层：上层为糊状粪皮，下层为块状或颗粒状粪渣，中层为比较澄清的粪液。在上层粪皮和下层粪渣中含细菌和寄生虫卵最多，中层含虫卵最少，初步发酵的中层粪液经过粪管溢流至第二池，而将大部分未经充分发酵的粪皮和粪渣阻留在第一池内继续发酵。
(2)溢流入第二池的粪液经过10天以上的进一步发酵分解，与第一池相比，第二池内的粪皮与粪渣的数量明显减少，因此发酵降解活动较少，由于没有新粪便进入，粪液处于比较静止的状态，有利于悬浮在粪池中的虫卵继续沉降。
(3)流入第三池的粪液再经过30天以上腐熟，其中病菌和寄生虫卵已基本被去除，达到了无害化要求，腐熟粪液可供农田施肥。
